Οι «πράσινοι» τιμωρήθηκαν για το παιχνίδι στην Πράγα με την Σλάβια για δύο παραβιάσεις που αφορούσαν ρίψεις αντικειμένων (5,25 χιλ. ευρώ) και άναμα καπνογόνων (7 χιλ. ευρώ). Για την ρεβάνς της Λεωφόρου τιμωρήθηκαν για τέσσερις παραβιάσεις, δηλαδή τους μπλοκαρισμένους διαδρόμους στις κερκίδες (8 χιλ. ευρώ), τη χρήση λέιζερ (12 χιλ. ευρώ), τις ρίψεις αντικειμένων (29,2 χιλ. ευρώ) και το άναμα καπνογόνων (44 χιλ. ευρώ).

Συνολικά τα προστίματα αυτά κόστισαν στον Παναθηναϊκό 105.500 ευρώ. Για το παιχνίδι στο «Απόστολος Νικολαΐδης» υπήρξαν και παρατηρήσεις για ανάρμοστη συμπεριφορά της ομάδας για τις κάρτες που δέχθηκε για τις διαμαρτυρίες στον διαιτητή.

Μάλιστα από τις «δαγκάνες» της UEFA δεν γλίτωσε ούτε η Σλάβια Πράγας που της επιβλήθηκε πρόστιμο 4 χιλ. ευρώ για ανάρμοστη συμπεριφορά για το ματς στην Λεωφόρο και 22 χιλ. ευρώ για το πρώτο ματς στην Πράγα για μπλοκαρισμένους διαδρόμους.